Μείζον ζήτημα για την ασφάλεια της χώρας αλλά και τη διασφάλιση των κυριαρχικών δικαιωμάτων της εγείρει ο αποκλεισμός που έχει επιβάλει η Τουρκία στη χρήση του εναέριου χώρου του Αιγαίου για τη διέλευση ακόμη και των ΝΑΤΟϊκών AWACS τα οποία επιχειρούν από τη βάση του Ακτίου.
Είναι χαρακτηριστικό ότι τα AWACS στην πτήση τους από το Άκτιο ή την Ιταλία προς την Τουρκία υποχρεώνονται να παρακάμψουν το Αιγαίο και να ακολουθήσουν πορεία πάνω από τη Μακεδονία και τη Θράκη πριν εισέλθουν στον τουρκικό εναέριο χώρο και κατευθυνθούν στην άλλη ΝΑΤΟϊκή βάση στο Ικόνιο απ’ όπου και επιχειρούν στην περιοχή των νοτιοανατολικών συνόρων της Τουρκίας.
Η συγκεκριμένη αποστολή των AWACS έχει γίνει με αίτημα της Τουρκίας και αφορά τη διασφάλιση της Τουρκίας από τρομοκρατικές; H αλλού είδους επιθέσεις. Η Συμμαχία έχει εγκρίνει το αίτημα στο πλαίσιο της αμοιβαίας συνδρομής λόγω της απειλής που αντιμετωπίζει από το ISIS η Τουρκία και σε μεγάλο μέρος της η επιχείρηση χρηματοδοτείται από τα κράτη-μέλη, συμπεριλαμβανομένης της Ελλάδας.
Η Τουρκία, επικαλούμενη το Δόγμα Λουνς και με το επιχείρημα ότι υπάρχει καθεστώς αποστρατιωτικοποίησης των νησιών και συνεπώς ο εναέριος χώρος τους πρέπει να αποκλεισθεί και θεωρώντας τον ελληνικό εναέριο χώρο «αμφισβητούμενο», καθώς ούτε η ίδια αλλά δυστυχώς ούτε οι ΗΠΑ αναγνωρίζουν το εύρος των 10 ν.μ. του ελληνικού εναέριου χώρου, απαιτεί τα ΝΑΤΟϊκά αεροσκάφη να μη χρησιμοποιούν τον ελληνικό εναέριο χώρο στο Αιγαίο.
Και αφού το έχει επιτύχει αυτό, ουσιαστικά νομιμοποιεί και προσδίδει ΝΑΤΟϊκό μανδύα στις διεκδικήσεις της έναντι της Ελλάδας.
Επίσης επικαλείται τον γνωστό ισχυρισμό περί καθεστώτος αποστρατιωτικοποίησης των νησιών και βάσει αυτού του ισχυρισμού έχει ζητήσει και επιβάλει ντε φάκτο τον αποκλεισμό μιας σειράς ελληνικών νησιών από τους ΝΑΤΟϊκούς σχεδιασμούς αλλά και την πτήση των AWACS στον εναέριο χώρο των νησιών αυτών. Τα νησιά των οποίων το καθεστώς επιχειρεί να «γκριζάρει» η Τουρκία είναι: Λήμνος, Σαμοθράκη, Λέσβος, Χίος, Σάμος, Ικαρία, Αστυπάλαια, Ρόδος, Χάλκη, Κάρπαθος, Κάσος, Νίσυρος, Κάλυμνος, Λέρος, Πάτμος, Λειψοί, Σύμη, Κως, Καστελόριζο, Ψαρά, Θάσος, Άγιος Ευστράτιος και Τήλος.
Παρά τις διαμαρτυρίες που υπήρξαν από την ελληνική πλευρά, η πρακτική αυτή που επέβαλε η Τουρκία και υπονομεύει τα ελληνικά κυριαρχικά δικαιώματα στο Αιγαίο φαίνεται ότι έχει γίνει απολύτως αποδεκτή, καθώς οι Διπλωματικές Αδειες Υπερπτήσης που εκδίδει η Τουρκία για τα AWACS θέτουν ως όρο τη μη χρήση του εναέριου χώρου του Αιγαίου και των νησιών, τα οποία σύμφωνα με την τουρκική πολιτική, έχουν υποχρέωση αποστρατιωτικοποίησης.
Όμως παραμένει εξαιρετικά σοβαρό ζήτημα για την Αθήνα να αποδέχεται ότι η ίδια η Συμμαχία αμφισβητεί τα κυριαρχικά δικαιώματά της και τα ίδια τα συμμαχικά αεροσκάφη τα οποία εδρεύουν σε βάση επί του ελληνικού εδαφίου να «γκριζάρουν» τον ελληνικό εναέριο χώρο, παρακάμπτοντας στις πτήσεις τους όλους του αεροδιαδρόμους του Αιγαίου. Και μάλιστα αυτό να συμβαίνει με τη σιωπηρή ανοχή της ίδιας της Ελλάδας…
