Την ένταξη του παραποτάμιου δάσους του Νέστου, ενός υποδειγματικού αρχέγονου δάσους έκτασης 4.000 στρεμμάτων -της τελευταίας ζούγκλας που υπάρχει στην Ευρώπη, όπως λένε οι επιστήμονες- στα μνημεία της φύσης που προστατεύει η UNESCO, επιδιώκει ο Φορέας Διαχείρισης του Εθνικού Πάρκου Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης.
Το παραποτάμιο δάσος γνωστό στο παρελθόν με την ονομασία «Κοτζά Ορμάν (Μέγα Δάσος)» αποτελούσε ένα από τα μεγαλύτερα υδροχαρή δάση της Μεσογείου. Στις αρχές του περασμένου αιώνα είχε έκταση 120.000 στέμματα και καταλάμβανε σχεδόν το 1/4 της συνολικής έκτασης του δέλτα του Νέστου.
Η μοναδικότητά του αναφέρεται και σε ιστορικά κείμενα. Ο Ηρόδοτος περιγράφει ότι υπήρχαν σ΄ αυτό λιοντάρια, τα οποία μάλιστα κατασπάραξαν τον στρατό του Ξέρξη, όταν προσπάθησε να το διασχίσει, ενώ και ο Αριστοτέλης κάνει λόγο για τη ζούγκλα στο παραποτάμιο δάσος.
Το 1946 υπήρχαν περισσότερα από 74.000 στρέμματα δάσους και αρκετά δένδρα είχαν ύψος 40 μέτρων. Στο δάσος ζούσαν αρκούδες, λύκοι, αγριόχοιροι, βίδρες, τσακάλια, λαγοί, ζαρκάδια και ελάφια.
Οι σπάνιοι κάτοικοί του
Το Δέλτα Νέστου, που έχει τη μορφή βεντάλιας και καλύπτει μια μεγάλη έκταση 500.000 στρεμμάτων, αποτελείται από ένα μωσαϊκό επιμέρους υγροτόπων από τους οποίους οι μεγαλύτεροι και πιο διακριτοί είναι από δυτικά προς ανατολικά οι λιμνοθάλασσες της Βάσσοβας, του Ερατεινού, του Αγιάσματος, της Κοκάλας, του Χαϊδευτού, της Κεραμωτής, του Γεφυρακίου, του Μοναστηρακίου και των Μαγγάνων. Οι τελευταίες περιβάλλονται από εκτεταμένα αλοέλη και συγκαταλέγονται μεταξύ των παραγωγικότερων ιχθυοτροφείων της χώρας.
Στο παραποτάμιο δάσος του Νέστου ζει ένας από τους δύο φυσικούς, άγριους πληθυσμούς κολχικού φασιανού στην Ευρώπη. Επίσης το Δέλτα είναι η μοναδική περιοχή της Ευρώπης όπου φιλοξενείται η αγκαθοκαλημάνα. Στο Δέλτα έχουν καταγραφεί μέχρι τώρα 20 είδη θηλαστικών (εδώ υπάρχει ο μεγαλύτερος πληθυσμός τσακαλιού στην Ελλάδα), 11 είδη αμφιβίων, 22 είδη ερπετών 30 είδη ψαριών και 277 είδη πτηνών.
Στα δυτικά του Νομού Ροδόπης δεσπόζει ένας ακόμη υγρότοπος, η λίμνη Ισμαρίδα ή αλλιώς Μητρικού, πέντε μόλις χιλιόμετρα από τη θάλασσα, ενώ στα νοτιοδυτικά βρίσκονται οι πέντε θρακικές λιμνοθάλασσες (Ελος, Πτελέα, Αλυκή, Μέση και Ξηρολίμνη).
Στη συνέχεια, το σύμπλεγμα της Βιστωνίδας-Πόρτο Λάγος είναι από τους ομορφότερους υγροβιότοπους της Ελλάδας και συγκεντρώνει χιλιάδες επισκέπτες. Η ιδιαιτερότητα της λίμνης έγκειται στο γεγονός ότι στο βόρειο τμήμα της έχει γλυκό νερό, ενώ στο νότιο αλμυρό ή υφάλμυρο.
Μέχρι σήμερα έχουν καταγραφεί εδώ 21 είδη ψαριών, δύο από τα οποία είναι ενήλικα -η Γελάρτσα και η Θρίτσα-, 326 είδη πουλιών καθώς και 20 είδη θηλαστικών, 19 είδη ερπετών και 11 είδη αμφιβίων.
