Ο πατέρας του (επίσης με το όνομα Ηράκλειος) ήταν έξαρχος της Καρχηδόνας και ένας από τους παλαιούς στρατηγούς του αυτοκράτορα Μαυρίκιου, με σημαντικό ιστορικό θριάμβων στο περσικό μέτωπο κατά τον πόλεμο της περιόδου 572-591. Τον καιρό της βάναυσης βασιλείας του σφετεριστή αυτοκράτορα Φωκά, ο οποίος είχε ανατρέψει τον Μαυρίκιο το 602, και της νέας περσικής επέλασης στην Εγγύς Ανατολή με αφορμή το πραξικόπημά του, όπου οι Πέρσες για πρώτη φορά δεν περιορίστηκαν σε μεθοριακές συγκρούσεις στην Αρμενία και τη Μεσοποταμία αλλά εισέβαλαν μαζικά στις ανατολικές ρωμαϊκές επαρχίες, ο Ηράκλειος διέκοψε αρχικά την επικοινωνία με την πρωτεύουσα και την τροφοδοσία της με αφρικανικά σιτηρά.
Τελικά συγκέντρωσε ισχυρές ρωμαϊκές στρατιωτικές δυνάμεις προκειμένου να κινηθεί εναντίον του Φωκά. Υπό τη διοίκηση του γιου του Ηράκλειου, ο στόλος σαλπάρει από την Καρχηδόνα το 609 ενώ ταυτόχρονα ξεκινά ο στρατός από την ξηρά, υπό τη διοίκηση του ανιψιού του Νικήτα, και οι δυο με τελικό προορισμό την Κωνσταντινούπολη.
Συναντώντας παντού θερμή υποδοχή, και ενισχύοντας καθ’ οδόν το ήδη σημαντικό στράτευμά του, ο νεαρός Ηράκλειος φτάνει πρώτος στη Βασιλεύουσα το 610. Μεγαλόσωμος, με ξανθά μαλλιά και επιβλητικό παρουσιαστικό, εισέρχεται θριαμβευτής στην Πόλη με την υποστήριξη των Πρασίνων και χωρίς μάχη. Η ανακτορική φρουρά των Εξκουβιτόρων αυτομολεί στην πλευρά του και τελικώς ο Φωκάς συλλαμβάνεται και εκτελείται. Τον Οκτώβριο του 610 ο Ηράκλειος παντρεύεται την αγαπημένη του Ευδοκία, και αμέσως μετά στέφεται Ρωμαίος Αυτοκράτορας, σε ηλικία μόλις 36 ετών.
Ο Ηράκλειος εισάγει για πρώτη φορά στην Αυτοκρατορία το σύστημα των Θεμάτων, αντικαθιστώντας την παραδοσιακή ρωμαϊκή διοικητική διαίρεση η οποία είχε μείνει σχεδόν ίδια από τους χρόνους του Διοκλητιανού, υπό τη διοίκηση ενός στρατηγού και με στρατιώτες γαιοκτήμονες.
Το σύστημα αυτό θα επιτρέψει για αιώνες στην Αυτοκρατορία τη διατήρηση αξιόμαχου στρατεύματος και αξιοπρεπούς επιπέδου διαβίωσης για τους υπηκόους του. Ταυτόχρονα, ο Ηράκλειος λαμβάνει μέτρα προς την οικονομική ενίσχυση των δημοσίων ταμείων. Εκτός από το στρατιωτικό και διοικητικό του έργο άξιες μνείας είναι και οι θρησκευτικές μεταρρυθμίσεις που επιχείρησε να επιβάλλει, προσπαθώντας να καταπολεμήσει τις αποκλίσεις από το επίσημο χριστιανικό θρησκευτικό δόγμα των Οικουμενικών Συνόδων και, περισσότερο, τον μονοφυσιτισμό ο οποίος προκαλούσε σημαντική πολιτικά αστάθεια.
Για την αντιμετώπισή του και τη συμφιλίωση των υπηκόων του, εισήγαγε διάφορα συμβιβαστικά θεολογικά δόγματα, όπως ο μονοθελητισμός, τα οποία όμως δε βρήκαν γόνιμο έδαφος και απορρίπτονταν από τους εκάστοτε θρησκευτικούς ηγέτες. Ο Ηράκλειος είναι ο Αυτοκράτορας που καθιέρωσε την ελληνική γλώσσα ως την επίσημη γλώσσα του ρωμαϊκού κράτους, αντικαθιστώντας στα επίσημα έγγραφα, επιγραφές και νομίσματα το “Imperator Caesar, Augustus” με το “Βασιλεῦς”. Είναι γενικώς αποδεκτό ότι με τη βασιλεία του Ηράκλειου η Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία εγκατέλειψε οριστικά την Αρχαιότητα και εισήλθε για τα καλά στη μεσαιωνική φάση της, αυτήν του (σήμερα αποκαλούμενου) βυζαντινού κράτους.
Ο Ηράκλειος κατατάσσεται αναμφισβήτητα ανάμεσα στους μεγαλύτερους των Βυζαντινών Αυτοκρατόρων. Είναι παροιμιώδης η παρουσία του στα πεδία των μαχών. Εμπνευσμένος από μια βαθιά πίστη ότι έχει τη θεία εύνοια, πάντα ετίθετο προσωπικά επικεφαλής του στρατού του, κατά τρόπο που ενέπνεε και τον πλέον ολιγόψυχο στρατιώτη, και προκαλούσε τον τρόμο και το δέος στις τάξεις του αντιπάλου. Αναλογιζόμενος κανείς τη δεινή θέση της Αυτοκρατορίας στις αρχές του 7ου αιώνα, αντιλαμβάνεται πώς η καταλυτική παρουσία του, τόσο στο στρατιωτικό επίπεδο, αλλά και χάρη στη διοικητική καινοτομία των Θεμάτων, ανέκοψε την πορεία εξαφάνισης του Βυζαντίου και εξασφάλισε την επιβίωσή του για τους επόμενους δύσκολους αιώνες.
Πόλεμοι με τον Χοσρόη Β’
Ο νεαρός ηγεμόνας αμέσως ξεκινά την προετοιμασία του κράτους του για την αντιμετώπιση των εχθρών του. Το 614 η Παλαιστίνη πέφτει στα χέρια του Πέρση στρατηγού Σαρ-Μπαράζ του βασιλιά Χοσρόη Β’, ο οποίος σφαγιάζει 90.000 χριστιανούς, και παίρνει ως λάφυρο το θρησκευτικό κειμήλιο του Τίμιου Σταυρού από τον ναό του Παναγίου Τάφου στην Ιερουσαλήμ. Το 618, με την Κωνσταντινούπολη υπό διπλή πολιορκία από Πέρσες και Άβαρους, καταστρώνει σχέδιο μεταφορά της ρωμαϊκής πρωτεύουσας στην Καρχηδόνα και στο σταθερότερο εξαρχάτο της Αφρικής, σχέδιο το οποίο τελικά εγκαταλείπει μεταπειθόμενος από τον Οικουμενικό Πατριάρχη Σέργιο Α’. Ξεκινά τελικά την εκστρατεία του το 622, μετά από 12 χρόνια σκληρής προετοιμασίας. Αντιμετωπίζει τον Πέρση στρατηγό Σαρ-Μπαράζ στον Ισσό όπου σημειώνει λαμπρή στρατιωτική επιτυχία. Κατόπιν το 623 κατευθύνεται βόρεια προς την Τραπεζούντα. Αντιμετωπίζει ξανά νικηφόρα τον περσικό στρατό στην πόλη Νινευή. Από την Τραπεζούντα περνά προς την πρωτεύουσα των Περσών Κτησιφώντα. Το 624, σημειώνει νέα νίκη κατά των Περσών, ενώ το Μάρτιο του 625, χωρίς να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη, ξεκινά μεγάλη πορεία βόρεια ως τον Αμύντα. Εκεί συναντά ξανά τον Σαρ-Μπαράζ στο πεδίο της μάχης και με το προσωπικό του θάρρος μετατρέπει μια διαφαινόμενη ήττα σε νίκη.
Στην Τραπεζούντα, ματαιώνει τα σχέδια του Αβάρου Χαγάνου να επιτεθεί στη Βασιλεύουσα. Χωρίζει τον ρωμαϊκό 
στρατό σε τρία σώματα, στέλνοντας το ένα στην Πόλη, το άλλο στη Μεσοποταμία, ενώ το τελευταίο και μικρότερο υπό την προσωπική του ηγεσία παραμένει στην Τραπεζούντα. Με τον Αυτοκράτορα μακριά, η Πόλη τελεί υπό την άτυπη πολιτική ηγεσία του Πατριάρχη Σέργιου, ο οποίος καταφέρνει να λάβει μέτρα επιτυχούς υπεράσπισης με μαζική λαϊκή κινητοποίηση. Στη Μεσοποταμία δε, ο αδελφός του Ηράκλειου Θεοδόσιος καταστρέφει τον εκεί περσικό στρατό, ενώ ο Αυτοκράτορας πραγματοποιεί εκκαθαριστικές επιχειρήσεις στην Αρμενία, στον Καύκασο και στη βόρεια Ανατολία.
Το 626 ο Ηράκλειος αντιμετωπίζει ξανά τους Πέρσες πάλι στη Νινευή. Η νίκη έρχεται μετά από προσωπική μονομαχία του Αυτοκράτορα με τον Πέρση επικεφαλής στρατηγό Ραζάτη. Οι συνεχείς ήττες προκαλούν την πτώση του καθεστώτος του Χοσρόη Β’ και το οριστικό τέλος του περσικού κινδύνου για την Κωνσταντινούπολη. Ο Ηράκλειος, έχοντας πετύχει μεγάλες στρατιωτικές επιτυχίες και έχοντας εξουδετερώσει τον από αιώνων εχθρό της Αυτοκρατορίας, επιστρέφει στη Βασιλεύουσα, όπου εισέρχεται θριαμβευτικά από τη Χρυσή Πύλη, στις 14 Σεπτεμβρίου 628. Μπροστά του βρισκόταν το ανακτηθέν από τους Πέρσες κειμήλιο του Τίμιου Σταυρού. Ο Αυτοκράτορας είναι πια 54 ετών, ευτυχής, αλλά καταβεβλημένος.
Θάνατος
Την ίδια περίπου εποχή, κάνει την εμφάνισή του το Ισλάμ αντικαθιστώντας τον περσικό κίνδυνο. Η Παλαιστίνη πέφτει στα χέρια των μωαμεθανών το 633, ενώ η Βόρεια Αφρική, η Ιβηρική Χερσόνησος, η Συρία και η Αντιόχεια θα συμπληρώσουν τις κτήσεις τους μέσα σε λιγότερο από έναν αιώνα. Ο Ηράκλειος παρακολουθεί συντετριμμένος την πτώση των επαρχιών, για την απελευθέρωση των οποίων αφιέρωσε όλη του τη ζωή. Η ψυχική του υγεία θα διαταραχθεί, ιδιαίτερα μετά την τρομερή ήττα και πλήρη συντριβή βυζαντινής δύναμης 80.000 ανδρών στο Γιαρμούκ της Γαλιλαίας, το 637. Δεν ανέκτησε ούτε την ψυχική ούτε και τη σωματική του υγεία και πέθανε στις 11 Φεβρουάριο του 641.
